باکتری ها و ویروس ها به قدری کوچک هستند که فقط با میکروسکوپ دیده می شوند و هردو می توانند باعث عفونت شوند اما بین باکتری و ویروس، تفاوت های عمده ای وجود دارد.

باکتری:باکتری، ارگانیسم های تک سلولی هستند که به طور طبیعی در بدن و محیط اطراف یافت می شوند. اکثر باکتری ها بی ضرر هستند و باعث عفونت نمی شوند. باکتری های موجود در بدن به هضم غذا، حفاظت از ما در برابر سایر باکتری ها یا میکروب ها و همچنین تامین مواد مغذی برای بدن کمک می کنند. باکتری ها در زیر میکروسکوپ به شکل میله، توپی یا مارپیچ هستند و در شرایط مناسب می توانند به سرعت تکثیر و چندبرابر شوند. در واقع، کمتر از یک درصد باکتری ها، بیماری زا هستند. عفونت ناشی از باکتری ها شامل گلودرد استرپتوکوکی، سل و عفونت مجاری ادرار می باشد.
از آنتی بیوتیک برای درمان عفونت های باکتریایی استفاده می شود. اگر چه بهتر است به سیستم ایمنی اجازه دهیم که تا آنجا که می تواند با باکتری ها مبارزه کند