هنگام فتح ایران بدست سپاهیان اسلامی همچنانکه پیش از این گفتیم ، در شاهنشاهی ساسانی آیینهای زردشتی و مسیحی و مانوی و مزدکی و بودایی و یهود رواج داشت .
خلاف آنچه تصور می رود همین که مسلمین ایران را تصرف کردند آیین اسلام سراسر این سرزمین را فرا نگرفت بلکه در آغاز کار جز عده ای از کشاورزان و اهل حرف و صنایع باقی دین خود را حفظ کردند و به تدریج تا اواخر قرن چهارم و اوایل قرن پنجم به جهات مختلف به دین اسلام در آمدند و اهم این اسباب عبارتست از فرار از تادیه جزیه سنگین به مسلمین.
در دوره بنی امیه فشار اقتصادی عرب به ملتهای تابع علی الخصوص به ایرانیان افزایش یافت چنانکه ایرانیان غیر مسلمان می بایست به عناوین مختلف به حکام اموی خراج دهند و این امر باعث ضعف بنیه مالی آنان گردید.
به نحو یکه از اواسط دوره بنی امیه رها کردن دین قدیم و قبول اسلام امری متداول شد. رخی از خلفا و عمال حکومت اموی از این امر راضی نبودند زیرا مایه نقصان عواید آنان می شد لیکن بعضی دیگر مانند عمر بن عبدالعزیز از این امر استقبال می نمودند و بر اثر آن عده کثیری از نامسلمانان قبول آیین اسلام کردند و از بار سنگین جزیه و خراج رهایی یافتند.
امر دیگر که ایرانیان را به قبول کیش اسلام ترغیب می کرد ورود در خدمات اداری ودرباری و سیاسی در اوایل عهد بنی العباس است . بسیاری از اشخاص را می شناسیم که برای ورود در خدمت اداری تظاهر به اسلام می کردند و واقعاً مسلمان نبودند و یا متهم به الحاد و زندقه بوده اند.
عده کثیر دیگری هم اندک اندک در طول این سه چهار قرن بر اثر تبلیغ ائمه متعزله و اسمعیلیه و فرق دیگر یا بر اثر معاشرت و مجاورت با مسلمین بدین اسلام در آمدند و تنها این دسته است که می توان افراد آن را مومنان و معتقدان واقعی دین اسلام در آن روزگار دانست.
پیداست که اعقاب و اخلاف این دسته اخیر و دسته های دیگر نیز به تدریج بر اثر عادت و وراثت مسلمانان پاک اعتقادی به بار آمدند و بدین جهت است که ملاحظه می کنیم در اواخر قرن چهارم اکثریت ایرانیان قبول اسلام کرده و دست از ادیان پیشین برداشته اند.
با این همه نباید فراموش کرد که در پایان قرن چهارم و آغاز قرن پنجم هنوز عده کثیری از زرتشتیان و عیسویسان و پیروان برخی ادیان دیگر در ایران خاصه در فارس و خراسان و ماوراء النهر و طبرستان و دیلمان به آزادی تمام مراسم دینی خود را ادا میکرده اند.
هرچه بر عمر اسلام در ایران افزوده شد بر درجه اعتقاد مردم و تعصب عامه به این آیین اضافه گشت و از شماره پیروان ادیان دیگر کاسته شد.
آغاز اختلافات مذهبی
اینک باید دید که وضع داخلی ایران از حیث مذاهب اسلامی چه بوده است؟ میدانیم که اسلام خیلی زود تر از بعض ادیان دیگر دچار تشعب و تفرق گردید و دیری از رحلت حضرت رسول نگذشت که چندین فرقه بزرگ پدید آمدند و هر یک از فرق به شعب جدید منقسم گردیدند. کشور ایران هم مانند سایر ممالک اسلامی عرصه کشاکش و مبارزات این فرق و شعب مختلف بود. مهمترین شعبی که در سه قرن اول هجری  در ایران اهمیت داشت مذاهب اهل سنت ،‌مذاهب اهل تشیع و مذاهب خوارج بوده است.
 
 
اختلافات مذهبی که در میان مسلمین بروز کرد سه مبنای اساسی دارد:
نخست مساله جانشینی (خلافت – امامت)
دوم اختلاف در روش فقهی (فروع احکام )
سوم اختلاف در اصول عقاید.
ظهور هر یک از این فرق و بحث ومشاجره در صحت یا بطلان معتقدات آنها در میان مسلمانان ایران سه قرن اول هجری و قرون بعد در افکار اجتماعی و ادبی این ملت نیز موثر بوده و از هر یک آثاری در ادبیات فارسی باقی مانده است. به همین سبب تحقیق مختصری در این باب بر ما لازم است .
نخستین موضوعی که سبب ایجاد اختلافاتی میان مسلمانان شد موضوع جانشینی حضرت پیغامبر است که اهم فرق اسلامی بر اثر آن پدید آمدند یعنی اهل سنت و شیعه و خوارج این فرق د رآغاز کار بیشتر رنگ سیاسی داشتند ولی اندک اندک معتقدات سیاسی و مذهبی آنها طوری در اذهان رسوخ کرد که دیگر جنبه سیاسی امر از میان رفت و جنبه خالص مذهی در آن باقی ماند . در امر جانشینی حضرت رسول مسلمین در ساعات رحلت آن حضرت بر دو دسته شدند: گروهی معتقد بودند که پیغامبر اسلام جانشینی برای خود تعیین نکرده بلکه این کار را بر عهده امت گذاشت و امت باید از میان نخستین یاران پیغامبر از مهاجرین یا انصار کسی را بجانشینی بر گزیند . اجتماعی که از اکثر بزرگان صحابه به این قصد تشکیل شد در سقیفه بنی ساعده بود که در آنجا اختلافات سختی بین مهاجرین و انصار در گرفت و عاقبه الامر ابوبکر صدیق از طایفه قریش و پدر زن حضرت رسول که از صحابه ذی نفوذ بود از میان مهاجرین به خلافت انتخاب شد. وقتی این خبر بعلی بن ابیطالب علیه السلام که از آن مجلس غایب بود در خاندان نبی باشد و چون بعد از رحلت رسول که از صحابه ذی نفوذ بود از میان مهاجرین به خلافت انتخاب شد. وقتی این خبر به علی بن ابی طالب علیه السلام که از آن مجلس غایب بود رسید بر این سخن اعتراض کرد و نظر ثالثی را اظهار نمود که خلافت باید در خاندان نبی باشد و چون بعد از رحلت رسول نزدیکترین کسان بدو عمش عباس بن عبدالمطلب و پسر عمش علی ابن ابی طالبند یکی از این دو نت باید به خلافت برسد. در حقیقت علی بن ابی طالب به قول مهاجرین که میگفتند ما اقرب به رسول هستیم تمسک می کرد و همین احتجاج گروهی از بزرگان صحابه را مانند عده یی از بنی هاشم و زبیربن العلوم و سلمان فارسی و باذر غفاری و عماربن یاسر بر گرد او جمع کرد .
به این ترتیب پس از رحلت حضرت رسول سه دسته بر سر جانشینی او در برابر یکدیگر صف آراستند:‌مهاجرین ، انصار ، معتقدین به امامت علی بن ابیطالب طرفداران انتخاب جانشین از میان انصار به زودی ضعیف شدند و از میان رفتند لیکن دو دسته دیگر در تمام تاریخ اسلام با یکدیگر مشغول زدو خورد شدند.
تا اواخر عهد عثمان طرفداران جانشینی علی بن ابیطالب علیه السلام بر اثر قوت شیخین و فتوحات سپاه اسلام در عهد آنان چنانکه باید فعالیتی نداشتند لیکن بعد از و بعد از قتل عثمان (35 هجری) بر او بیعت کردند. بر اثر این امر اختلافات شدید تازه ای میان بنی امیه که عثمان خود از آنان بود و بنی هاشم بروز کرد و کار به جنگ شدید و طولانی سفین و موضوع حکمیت کشید
خوارج
بعد از داستان حکمیت مخالفت سختی از جانب دسته یی از طرفداران علی بن ابیطالب علیه السلام نسبته به رای حکمین اظهار شد و بر اثر این اختلاف دسته خاصی به نام خوارج ظهور کردند که آنها را حَر وریّه و مُحکمه و شُراه نیز گویند. خوارج علی الخصوص در دوره بنی امیه قدرت بسیار بدست آوردند و بدو قسمت شدند: قسمتی د رعراق و فارس و کرمان تسلط پیدا کردند و دسته ای در جزیره العرب. این فرقه عظیم در عهد امویان یکی از مشکلات بزرگ دولت اسلامی بودند و در دوره بنی عباس هم تا چندی کروفری داشتند ولی به تدریج غالب شعب آن ا زمیان رفتند. با همین شرح مختصر معلوم می شود که خوارج یک دسته سیاسی هستند که در اسلام ظهور کردند ولی به تدریج از جنبه سیاست و ظواهر امر بیرون رفتند و د رمسائل اصولی و امور مربوط به مبانی معتقدات اسلامی هم وارد بحث گردیدند.
از تعالیم مشترک بین تمام دسته های مختلف آنها این است که اولاً راجه به خلافت ابوبکر و عمر و عثمان تا اواخر خلافت و علی بن ابیطالب تا موقعی که به حکم تن درنداد معترف و موافق بودند و بعد از موضوع حکمیت با علی بن ابیطالب و بعد از وی نسبت به همه خلفای اموی و عباس مخالفت شدید داشتند و علی الخصوص از بنی امیه به دشنامهای زشت یاد می کردند. ثانیاً راجع به خلافت معتقد بودند که انتخاب خلیفه باید از روی اختیار مردم از میان مسلمین خواه قرییش و عرب و خواه از هر قوم و ملت دیگر صورت گیرد و بدین ترتیب خوارج بعد از انتخاب مطلقاً نژاد را در موضوع خلافت شرط نمی دانستند.ثالثاً میگفتند خلیفه بعد از انتخاب باید اوامر الهی را اطاعت کند و الا باید معزول شود.
بعد از آنکه خوارج به فرق متعدد منقسم شدند هریک از آنها برای خود بحثهایی راجع به مسائل معنوی در پیش گرفتند. از مهمترین بحثهای این فرق یکی بحث راجع به ایمان بود. تقریباض همه فرق خوارج میگفتند عمل به احکام دین جزء ایمانست و ایمان تنها به اعتقاد نیست پس کسی که به وحدانیت خداوند و نبوت محمد اقرار داشته باشد ولی به فرائض عمل نکند و مرتکب معاصی گردد کافر و واجب القتل است.  بعد از آنکه در میان خوارج شعب متعدد دیگری پدید آمد همه در همین اصل و اصول سه گانه مذکور با یکدیگر شرکت کردند از مهمترین فرق خوارج یکی فرقه ازارقه و دیگر فرقه النجدات و دیگر الاباضیه و دیگر الصفریه اند.
خواجه از حیث تاثیر در اوضاع مسلمین فرقه بسیار مهم و موثری محسوب می شوند. این قوم مردمی متعصب و سختگیر و خشن بودند، در دین و اجرای احکام آن نهایت شدت را بکار می بردند و خود مردمی پاک اعتقاد و شجاع و جنگاور و بی باک بودند. اینان همواره با عامه مسلمین و با خلفای اسلامی خاصه با بنی امیه و بنی العباس در مبارزه و زد و خورد به سر می بردند و بر اثر همین مبارزات سخت طبعاً در ایجاد ضعف حکومت های محلی و خلافت موثربودند. یکی از خلفای راشدین یعنی علی بن ابیطالب بدست همین خوارج مقتول شد و چون باقی خلفا را غاصب و کافر می شمردند با آنان نیز همواره در جنگ بوده و از قتل آنان در صورت امکان امتناع نداشته اند. اینست که وجود ایشان مایه رعب و هراس بزرگی در سراسر ممالک اسلامی بود.
اهمیت خوارج در تاریخ ایران بیشتر است. خوارج ایران بیشتر در سیستان و خراسان قدرت داشتند و در سه قرن اول هجری غالباً تشکیل دسته های بزرگ میداده و تسلط خلفا را بر این نواحی دشوار میساخته اند چنانکه خلفا گاه مجبور میشدند بتن خود برای رفع مزاحمت آنان لشکر کشی کنند و حتی باید گفت روش خوارج در نواحی شرقی ایران وسیله ای برای مخالفت با حکومت مرکزی اسلام شده بود و اشخاصی بسیار معروف از میان خوارج مشرق ظهور کرده اند که در راس همه آنان حمزه بن عبدالله خارجی قرار داشت و ما در تاثیر این فرقه در ظهور یعقوب وتحصیل استقلال سیاسی ایران پیش از این سخن گفته ایم.
شیعه
گفتیم که چون بعد از رحلت حضرت رسول خبر انتخاب ابوبکر صدیق از باب انتساب بقبیله قریش و نسبت با رسول و تقدم در پذیرفتن دین منتشر شد عده ای با این امر از در مخالفت در آمدند زیرا شرایط کور را در علی بن ابیطالب بیشتر جمع می دانستند.
از جمله این معترضین نخست علی بن ابیطالب بود و جماعتی از صحابه مانند عمار بن یاسر، اباذر غفاری ،‌سلمان فارسی، جابربن عبدالله، عباس بن عبد المطلب، ابی بن کعب ، حذیفه و جز آنان با او موافقت کردند و بدین طریق درست در اوان رحلت حضرت رسول یکدسته کوچک از سایر مسلمین در امر جانشینی جدا شدند و هسته ایجاد یک فرقه با همین اعتراض ساه شروع شد ولی به تدریج در تعلیمات این فرقه توسعه حاصل گشت و بر روی هم این اعتقاد به وجود آمد که امر امامت در صلاحیت عامه نیست یعنی حق تعیین امام و جانشین ندارند بلکه این موضوع مانند نبوت امری الهی ور کن دین و قاعده اسلام است و به همین سبب هم نبی نسبت به آن غفلت نمی نمود و حتی باید گفت که تعیین امام از باب حفظ صلاح امت بر او واجب بود و او هرگز چنین امر خطیری را به امت تفویض نمیکرد. کسی که پیغمبرمی بایست به جانشینی خود برگزیند لازم بود که معصوم از صغایر وکبایر و از خاندان رسالت باشد و چنین کسی علی بی ابیطالب است که پیامبر او را در غدیر خم علی روس الاشهاد به امامت امت معرفی کرد. شیعه در اثبات این مطالب نصوصی دارند که غالباً مقبول ائمه اهل سنت نیست. شیعه می گویند علی وصی پیغامبر و امام به تعیین و نص است و این امر یعنی تعیین و نص شرط اصلی امامت می باشد چنانکه سایر ائمه نیز هر یک جانشین خود را تعیین و تصریح کردند.
جانشینان علی یعنی باقی ائمه نیز معصوم از معاصی هستندو خطا برآنان جایز نیست هر کس با امام مخالفت کند دشمن خدا و مانند کفار و منافقین دوزخی است مگر آنکه توبه کند. نسبته به شیخین هم که سبب خروج خلافت صوری از دست علی شدند همین عقیده را دارند، دسته ای آنها و اعوانشان را کافر و دسته ای دیگر خطاکار می شمرند.
فرقه شیعه بر روی هم به دو دسته مقتصد و غالی تقسیم می شود: غلات شیعه دسته ای هستند که به الوهیت علی رای داده و نسبت به امام و اعمال و اقوال و افکار او غلّو و مبالغه شدید پیش گرفته اند. غلات شیعه می گویند که جزء الهی در علی حلول کرد و با جسدش متحد شد و بدین علت است که از آن حضرت خوارج عادات سر می زد. عالم بغیب بود، با کفار می جنگید و ظفر می یافت و در خیبر را از جا می کند... و به همین سبب بود که آن حضرت می فرمود : والله ما قلعت باب خیبر بقوه جسدانیه و لا بحر که غذائیه و لکن قلعته بقوه ملکوتیه. غلات معتقدندن که علی (ع) نمرده است و گاه ظهور می کند. تندر آوای او و درخش خده اوست. موسس این فرقه را غالباً عبدالله بن سبا می دانند. که اصلا از یهودیان یمن و از مخالفان جدی عثمان و مبلغ خلافت و امامت و وصایت علی در بلاد اسلامی بوده است. مدتی در بصره و چندی در کوفه سرگرم تبلیغ بود و آنگاه به مصر رفت.
مهمترین اصول تعالیم وی دو اصل وصایت و رجعت بود و در این موضوع اخیر نخست به رجعت محمد و سپس به رجعت علی قائل گردید. و چون آن حضرت شربت شهادت نوشید و خبر به عبدالله بردند گفت اگر هزار بار خبر قتل او را بیاورند. باور نمی داریم و او نمیمیرد تا آنگاه که جهان را پر از عدل و داد کند (یعنی بعد از رجعت) گویند او فکر رجعت علی را از یهود گرفت زیرا یهود می گویند الیاس نبی به آسمان رفت و در آخر الزمان بر می گردد و دین و قانون از دست رفته را باز می آورد.
راجع به عیسی بن مریم هم چنین فکری وجود داشت. این فکر بعدها در فرق مختلف شیعه به موضوع غیبت و رجعت منتهی شد مثل اسمعیلیه و قرامطه و کیسانیه و امامیه و جعفریه (معتقدین به غیبت امام جعفر) و جز آنها.
در ایران قدیم نیز این عقیده معمول بود چنانکه زردشتیان به چند موعود وعده یی جاویدانان که بعد از رها شدن ضحاک از دماموند و بالا گرفتن کار ظلم و اعمال اهریمنی او ظهور خواهند کرد، معتقدند و موعود واقعی و بزرگ آنان سوشیانس است.
در موضوع اطلاع امام از مغیبات، شیعه می گویند که امام از ما کان و ماسیکون الی یوم الدین مطلع است ودر این باره برای این فرقه روایات و شواهد بسیار است.اساس نظر شیعه بر تعیین امام به وسیله پیغامبر و تسلسل امامت در میان فرزندان و جانشینان او استوار است. امام در نزد شیعه غیر از خلیفه در نزد اهل سنت است زیرا خلیفه فقط مامور اجرای احکام قرآن و سنت رسول است اما امام معلم اول و مطلغ از غیبت و وارث علوم نبی و شخصی فوق بشر و معصوم از خطاست.
علم امام به علم ظاهر وعلم باطن تقسیم می شود و علی (ع) هر دو علم را از پیغامبر گرفت چنانکه از ظاهر و باطن قرآن خبر داشت و اسرار کون و خفایای مغیبات را می دانست و هر امامی در این مراتب وارث او بود و هر کدام مردم عهد خود را به قدر استطاعت آنان از علوم خود مطلع و با خبر کرده اند . این است که شیعه به روایت و حدیثی عقیده ندارند مگر آنکه از امام نقل شود.